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Le .mha est un format MetaImage destiné aux images médicales utilisé dans des logiciels de visualisation graphique utilisés en médecine.
Testé sous Anaconda et Python 3.7
import skimage.io import matplotlib.pyplot as plt import os def mha2png(file_path, dest_dir, slices=None): if not os.path.exists(dest_dir): output_file = dest_dir os.mkdir(output_file) img = skimage.io.imread(fname=file_path, plugin='simpleitk') if slices == None: slice_min = 0 slice_max = img.shape[0] else: slice_min = slices[0] slice_max = slices[1] for slicer in range(slice_min,slice_max): plt.imsave(dest_dir + '/' + dest_dir + '_' + str(slicer) + '.png', img[slicer], cmap='gray',format='png') if __name__=='__main__': input_path = ('mha') for root, dirs, files in os.walk(input_path): for filename in files: input_file = os.path.join(root, filename) output_path = input_file.replace('.mha','') output_path = output_path.replace(input_path,'') output_path = output_path.replace('\\','') mha2png(input_file, output_path)
mha2png
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Téléchargement et affichage du fichier training_001_mr_T1.mha
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