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Convertir le format DCM (dicom) en image PNG





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le fichier .dcm (dicom) est un protocole de communication ainsi qu'un format de fichier.

Il peut stocker des informations médicales comme des images échographiques, IRM, ... mais aussi des informations sur le patient.

Le tout dans un seul fichier.



Testé sous Anaconda et Python 3.7

import pydicom
import os
import matplotlib.pyplot as plt
 
# Path where dicom files are stored
LOCAL_DICOMS = "dicom"
# Path where .png will be created and stored
LOCAL_PNG = "png"
 
for file_name in os.listdir(LOCAL_DICOMS):
    if file_name.endswith(".dcm"):
        filename, file_extension = os.path.splitext(file_name)
        dicom_meta = pydicom.dcmread(LOCAL_DICOMS+ "/" + file_name, force=True)
        image_dcim = dicom_meta.pixel_array
        im_path = os.path.join(LOCAL_PNG, filename + ".png")
        if dicom_meta.data_element("PhotometricInterpretation").value == "MONOCHROME1":
            plt.imsave(im_path, image_dcim, cmap="gray_r")
        elif dicom_meta.data_element("PhotometricInterpretation").value == "MONOCHROME2":
            plt.imsave(im_path, image_dcim, cmap="gray")
        with open('convert.txt', 'a') as the_file:
            the_file.write(im_path + '\n')
    else:
        continue
 


dicom_into_png - GitHub



Téléchargement du fichier 1-001.dcm



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