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le fichier .dcm (dicom) est un protocole de communication ainsi qu'un format de fichier.
Il peut stocker des informations médicales comme des images échographiques, IRM, ... mais aussi des informations sur le patient.
Le tout dans un seul fichier.
Testé sous Anaconda et Python 3.7
import pydicom import os import matplotlib.pyplot as plt # Path where dicom files are stored LOCAL_DICOMS = "dicom" # Path where .png will be created and stored LOCAL_PNG = "png" for file_name in os.listdir(LOCAL_DICOMS): if file_name.endswith(".dcm"): filename, file_extension = os.path.splitext(file_name) dicom_meta = pydicom.dcmread(LOCAL_DICOMS+ "/" + file_name, force=True) image_dcim = dicom_meta.pixel_array im_path = os.path.join(LOCAL_PNG, filename + ".png") if dicom_meta.data_element("PhotometricInterpretation").value == "MONOCHROME1": plt.imsave(im_path, image_dcim, cmap="gray_r") elif dicom_meta.data_element("PhotometricInterpretation").value == "MONOCHROME2": plt.imsave(im_path, image_dcim, cmap="gray") with open('convert.txt', 'a') as the_file: the_file.write(im_path + '\n') else: continue
dicom_into_png - GitHub
Téléchargement du fichier 1-001.dcm
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